Несмотря на положительные изменения в системе межбюджетных отношений и в организации бюджетного процесса в субъектах Российской Федерации и муниципальных образованиях, достигнутые в ходе реформы межбюджетных отношений, сохраняются существенные диспропорции доходных поступлений и расходов бюджетов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований.
Объем принятых на этих уровнях бюджетной системы расходных обязательств зачастую существенно превосходит объем располагаемых доходов. В условиях снижения доходов и сохранения практически на прежнем уровне расходных обязательств проблема несбалансированности бюджетов усугубляется.
Действующая система разграничения расходных обязательств между уровнями власти в ряде случаев не обеспечивает эффективного предоставления бюджетных услуг.
Неоправданно возросло число субвенций и субсидий, не связанных с реализацией национальных приоритетов, что, с одной стороны, усложняет их администрирование, с другой — ограничивает самостоятельность и ответственность органов государственной власти субъектов Российской Федерации, приводит к дублированию и распылению бюджетных средств. Софинансирование со стороны Российской Федерации, по сути, превращается в финансирование того или иного расходного обязательства субъекта Российской Федерации.
Ответственность органов государственной власти субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления за обеспечение эффективного расходования средств, создание базы для расширения собственного доходного потенциала снижается. В ряде субъектов Российской Федерации и муниципальных образований управление бюджетным процессом остается на низком уровне, не внедряются в бюджетный процесс принципы
бюджетирования, ориентированного на результат, отсутствует система оценки эффективности бюджетных расходов.
Причины существования и роста неэффективных расходов ясны — сохранение устаревшей системы финансирования сети учреждений исходя из фактических затрат, отсутствие конкуренции и барьеры на пути привлечения частного сектора к оказанию бюджетных услуг.
Стимулы для увеличения собственной доходной базы на региональном и местном уровнях невелики. Практически ни один элемент налоговой базы, кроме относительно небольших источников (налоги на имущество), не относится напрямую к источникам доходов этих бюджетов. Даже передача на региональный уровень дополнительного норматива отчислений по налогу на прибыль проблему пополнения доходной части бюджетов не решила, поскольку уже с ноября 2008 года поступления от взимания этого налога существенно сократились, а возможность воздействия органов государственной власти субъектов Российской Федерации на поступление этого налога фактически отсутствует.